如果液相色譜儀柱壓異常升高，很可能就是堵了，主要原因就是流動相里有雜質，雜質的主要來源就是細菌。一般的國產甲醇其實不需要額外過濾處理，直接使用沒有問題。即使是有些固態微粒雜質，也能在液相流路系統前端的過濾頭上排除，真正容易引起問題的，是水中的細菌。新制備的純水在室內放置幾天就會長菌，而這些細菌雖然肉眼不可見，卻足以堵塞柱填料顆粒的空隙，造成色譜柱柱子很快報廢。

    堵了后不要著急，先要找到堵在了哪里，絕大多數情況下，整個系統只會有一個地方發生堵塞。查堵的方法是從尾向前逆向分段拆開，仔細觀察壓力數值，如果某一個部件（柱子除外）裝上和拆下時的壓力差別很大，可發展變化判斷。至于色譜柱的堵塞，可以通過換同樣規格的色譜柱的壓力是否一致來判斷。未經過濾的溶劑或溶劑瓶中生長的微生物都會降低溶劑入口過濾頭的壽命，并影響泵性能.一般3個月清洗或更換。將溶劑入口管從過濾頭和瓶蓋組件處撥下，如果管線中充滿溶劑，當過濾頭性能良好時，溶劑會自由地從管中滴出．如果堵塞，就沒有溶劑或只有很少量的溶劑從管中滴出，不要使用超聲清洗溶劑入口過濾頭，否則玻璃顆粒可能是破碎造成堵塞。