離子色譜儀分離的原理是基于離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用于親水性陰、陽離子的分離。例如幾個陰離子的分離，樣品溶液進樣之后，首先與分析柱的離子交換位置之間直接進行離子交換(即被保留在柱上)，如用NaOH作淋洗液分析樣品中的F-、Cl-和SO42-，保留在柱上的陰離子即被淋洗液中的OH-基置換并從柱上被洗脫。對樹脂親和力弱的分析物離子先于對樹脂親和力強的分析物離子依次被洗脫，這就是離子色譜分離過程，淋出液經過化學抑制器，將來自淋洗液的背景電導抑制到較小，這樣當被分析物離開進入電導池時就有較大的可準確測量的電導信號。

    在有條件的情況下，可以使用梯度淋洗裝置。抑制功能優異，使檢測具有高靈敏度和良好的基線穩定性，提高了信噪比，并減少溫度引起的基線漂移。穩定速度快，特別是在離子色譜儀經常連續使用的情況下，十分鐘后即可使用，半小時后即可進入高靈敏度狀態。根據檢測離子的不同，提供多種色譜柱供用戶選擇，用戶可根據使用需要選擇不同的陰陽離子色譜柱及陰陽離子保護柱。使用高容量陰離子分離柱以及相應的保護柱，PH0~14的工作范圍，100%兼容反相試劑，使用強酸強堿淋洗液，一次進樣完成F、Cl、NO、Br、NO、HPO、SO、CIO、BrO、CIO等陰離子和有機酸的分析。使用高容量陽離子分離柱以及保護柱，一次進樣可完成Li、Na、K、Ca、Mg、Sr、Ba等陽離子的分析。